Nun gut, dann gibts jetzt einen Spoilerblock bis Akt 3 (Third Sun) von mir:
Snake mittlerweile extrem schnell gealtert und wieder mal im Ruhestand, wird von ehemaligen Colonel Roy Campbell als UN Inspektor in den Nahen Osten geschickt mit der geheimen Mission Liquid auf zuspüren. Liquid, der zur Zeit der Chef von Outer Haven und damit auch Chef der 5 größten PMC (Private Militäry Company: Praying Mantis, Otselotovaya Khvatka, Werewolf, Pieuvre Armement and Raven Sword) ist, wird verdächtigt einen Aufstand gegen die Patriots zu planen.
Unterstützt wird Snake wieder mal von Otacon, der ihm von Zeit zu Zeit mit neuer Technologie ausstattet. Auf dem Weg zum Informanten trifft Snake den Waffenhändler Drebin, der ihm Waffen verkauft/wäscht und wichtige Informationen bereit hält. Da alle Waffen ID geschützt sind, bekommt Snake von Drebin neue Nanomaschinen injiziert um sie benutzen zu können.
Im Nahen Osten trifft Snake auch zum ersten mal auf das The Beauty and the Beast Corps.(Crying Wolf, Raging Raven, Screaming Mantis und Laughing Octopus). Diese 4 Frauen stellen die 4 Endgegner da.
Nach einigen Kampfgefechten trifft man dann den Informanten. Es stellt sich heraus, dass es sich dabei um Meryl Silverburgh und ihrer Ratpatrol handelt. Es werden einige Worte gewechselt bei denen sowohl die Alterung, wie auch die Beziehung zwischen ihr und Snake bzw. zwischen ihrem Vater. Mit neuer Route ausgerüstet macht man sich jetzt auf dem Weg zu Liquids Lager. Dort angekommen, wird Snake Zeuge und Opfer eines seltsamen Schauspiels. Bevor Snake Liquid stellen kann, drehen alle dort anwesenden Soldaten durch, wälzen sich auf dem Boden oder prügeln sich miteinander. Snake der ebenso betroffen ist, schleppt sich mühselig in Richtung Liquid nur um dann vor Naomi Hunter, die Liquid als Forscherin missbraucht wird, zusammen zu brechen.
Gerettet von einem Mitglied der Rat Patrol geht es nun mit einem Flugzeug (Ort für Mission Briefing) nach Südamerika um Naomi Hunter zu befreien. Dort bekommt es Snake mit Vamp zu tun und auch ein alter Bekannter meldet sich wieder bei ihm. Bei Naomi angekommen enthüllt sie Teile von Liquids Plan und schlüsselt die Ursache für Snakes Alterung auf. (Dabei kommen jetzt Wendungen raus, die ich mal besser nicht spoiler). Liquid plant das SOP System (Sons of the Patriots: Das Nanomaschinensystem, was alle Soldaten kontrolliert) zu knacken und zu übernehmen und mit Hilfe einer Waffe/Methode (Guns of the Patriots), die Patriots zu stürzen. Um nun das Sicherheitssystem von SOP zu überwinden braucht er die DNA vom Big Boss. Beim Versuch mit eigener DNA ins System einzudringen, stellt sich heraus, dass Liquid wie auch Snake keine perfekten Kopien von Big Boss sind. (Bei jedem misslungenden Versuch drehen alle Soldaten durch und das Sicherheitssystem sperrt diese DNA für einen weiteren Versuch). Snake erfährt, dass Liquid in Osteuropa ist um den Körper von Big Boss zu finden. Doch bevor Snake ihm folgen kann, stellt sich Laughing Octopus ihm in den Weg. Snake trifft dann später wieder auf Vamp. Raiden kommt ihm nun zur Hilfe und es kommt im Zentrum von Südamerika zum Showdown zwischen den Beiden. Nach dem Kampf gehts Richtung Osteuropa.
