Ein Grund für das Müller-Aus soll auch die finanzielle Situation des Klubs sein, die seit Monaten immer wieder diskutiert wird: "Wenn die wirtschaftliche Situation des FC Bayern noch die wäre wie vor, sagen wir drei Jahren, wäre die Entscheidung im Fall Müller vielleicht anders ausgefallen", so der Ehrenpräsident und sprach von einem Sparkurs: "Von unserem Festgeldkonto ist nicht mehr viel da. Wir müssen wirtschaftlich umdenken." Sogar von Krediten ist die Rede: "Das ist tatsächlich neu für den FC Bayern."
Hoeneß ließ durchblicken, dass es in den Gesprächen mit Thomas Müller Unstimmigkeiten gegeben hatte: "Die ersten Gespräche haben auf Thomas den Eindruck gemacht, dass man sich vorstellen kann, mit ihm weiterzumachen. Mit dieser Vorstellung ist Thomas dann in das konkrete Gespräch mit Max (Eberl, Anmerkung d. Red) und unserem Sportdirektor Christoph Freund gegangen. Und war überrascht, dass die beiden – in Absprache mit allen Gremien unseres Klubs – ihm diese Botschaft überbrachten. Darauf war Thomas nicht vorbereitet. Das hat er in seinem Statement zum Ausdruck gebracht, was man total verstehen kann."
Hoeneß äußerte zudem Verständnis für Sportvorstand Max Eber, der Müller und den FC-Bayern-Fans im Januar durch seine Aussagen Hoffnung auf eine Verlängerung gemacht hatte: "Wenn er Lust hat weiterzumachen, werden wir uns tief in die Augen schauen und dann wird es weitergehen." So lief es bekannterweise nicht: "Aber so etwas ist natürlich immer von der sportlichen Situation abhängig. Deshalb hat sich Max auch wegen seiner Aussage im Januar entschuldigt und selbstkritisch gezeigt. Ich finde es immer ein Zeichen von Stärke, wenn jemand Fehler zugibt", lobte Hoeneß, "zugleich muss man auch berücksichtigen, dass Thomas in der Vorrunde wesentlich öfter im Einsatz gewesen ist und die Situation im Januar also schon noch eine andere war."