Auf Wikipedia habe ich folgende Liste gefunden.
http://de.wikipedia.org/wiki/Liste_der_Großstädte_in_Deutschland#Aktuelle_Gro.C3.9Fst.C3.A4dte
Die Tabelle enthält alle Städte, die am Ende des Jahres 2013 mehr als 100.000 Einwohner hatten, außerdem die Ergebnisse der Volkszählungen von 1939 und 1950, die Ergebnisse der Fortschreibung der amtlichen Einwohnerzahlen durch die Statistischen Landesämter (nur Hauptwohnsitze) der Jahre 1960, 1970, 1980, 1990, 2000, 2010 und 2013 (jeweils 31. Dezember), sowie die Fläche und die Bevölkerungsdichte (Stand 2013).[1] Aufgeführt sind auch das Bevölkerungswachstum (Zeitraum: 2012–2013), das Land, zu dem die Stadt gehört, und das Jahr der erstmaligen Überschreitung der Grenze von 100.000 Einwohnern. Zahlreiche Städte unterschritten seitdem diese Grenze zeitweise und verloren somit den Status als Großstadt vorübergehend. Diese sind gesondert mit 1 gekennzeichnet. Die Einwohnerzahlen beziehen sich auf den jeweils gültigen Gebietsstand der Gemeinde ohne die politisch selbstständigen Vororte.
Ich habe mal auf die Schnelle aus dem Kopf die Ligazugehörigkeit beigefügt, sie ist aber bestimmt fehlerhaft zudem mit Sicherheit inkomplett, könnte aber als Basis dienen alle Staedte durchzunehmen.
Berlin - Bundesliga + Zweite Liga
Hamburg - Bundesliga (noch) + Zweite Liga
München - Bundesliga + Zweite Liga (noch)
Köln - Bundesliga + 3. Liga
Frankfurt am Main - Bundesliga + Zweite Liga
Stuttgart - Bundesliga + 3. Liga
Düsseldorf - Zweite Liga
Dortmund - Bundesliga
Essen - Regionalliga
Bremen - Bundesliga
Leipzig - Zweite Liga
Dresden - 3. Liga
Hannover - Bundesliga
Nürnberg - Zweite Liga
Duisburg - Zweite Liga
Bochum - Zweite Liga
Wuppertal - Oberliga (5. Liga)
Bielefeld - Zweite Liga
Bonn - Oberliga (5. Liga)
Münster - 3. Liga
Karlsruhe - Zweite Liga (noch)
Mannheim - Regionalliga
Augsburg - Bundesliga
Wiesbaden - 3. Liga
Gelsenkirchen - Bundesliga
Mönchengladbach - Bundesliga
Braunschweig - Zweite Liga
Chemnitz - 3. Liga
Aachen - Regionalliga
Kiel - 3. Liga (noch)
Halle (Saale) - 3. Liga
Magdeburg - Regionalliga (noch)
Krefeld - Oberliga (Uerdingen abgestiegen?)
Freiburg im Breisgau - Bundesliga
Lübeck - Regionalliga
Oberhausen - Regionalliga
Erfurt - 3. Liga
Mainz - Bundesliga
Rostock - 3. Liga
Kassel - Regionalliga
Hagen - ????
Saarbrücken - Regionalliga (noch)
Hamm - ????
Mülheim an der Ruhr - ????
Ludwigshafen am Rhein - Verbandsliga (6.Liga)
Potsdam - Regionalliga
Leverkusen - Bundesliga
Oldenburg - Regionalliga
Osnabrück - 3. Liga
Solingen - Bezirksliga (7. Liga)
Herne - ????
Neuss - ????
Heidelberg - ????
Darmstadt - Bundesliga
Paderborn - Zweite Liga
Regensburg - Regionalliga
Ingolstadt - Bundesliga
Würzburg - Regionalliga (noch)
Wolfsburg - Bundesliga
Fürth - Zweite Liga
Ulm - Oberliga (5. Liga)
Offenbach am Main -Regionalliga
Heilbronn - Bezirksliga (7. Liga)
Pforzheim - ????
Göttingen - Oberliga (5. Liga)
Bottrop - ????
Recklinghausen - ????
Reutlingen -Oberliga (5. Liga)
Koblenz - Regionalliga (noch)
Bergisch Gladbach - ????
Remscheid - ????
Bremerhaven - Oberliga (5. Liga)
Jena - Regionalliga
Trier - Regionalliga
Erlangen - ????
Moers - ????