Er ist zwischenzeitlich mit einer wahren Meisterleistung WBA-Champion im Schwergewicht gegen John Ruiz geworden. Das war im März 2003. Allerdings hat Antonio Tarver ihn auf der Pressekonferenz nach dem Titelgewinn so gereizt, dass Roy auf die Idee kam, wieder ins Halbschwergewicht zu wechseln. So trat er im November 03 das erste Mal gegen Tarver an und gewann einen sehr knappen aber verdienten Kampf nach Punkten. So knapp allerdings, dass es sich lediglich um eine "Majority Decision" handelte und es sogar einige Tarver-Anhänger gab, die Jones hinten hatten. Daher boxten beide ein zweites Mal, im Mai 2005. Diesmal gab kaum einer Tarver eine Chance, da die schlechte Leistung Roys aus dem Hinkampf dem Gewichtsverlust zugeschrieben wurde und es schien genau eine Runde so, als ob sich die Vermutungen bewahrheiten würden und Jones einen seiner ungefährdeten Punktsiege einfahren würde. Er dominierte den "Magic Man" in der ersten Runde nach belieben. In der zweiten passierte dann jedoch das für unmöglich gehaltene: Tarver landete, mit geschlossenen Augen, einen perfekten linken Haken am Kinn von Jones, dieser geht schwer zu Boden und wird von Jay Nady ausgezählt. Die Sensation war perfekt. Doch so wollte Roy seine Karriere nicht beenden und wollte einen dritten Kampf gegen Tarver - allerdings stand erst ein "Aufbaukampf" im September gegen den damaligen IBF-Champ Glen Johnson an. Erneut als hoher Favorit fand Roy diesmal gar nicht in den Kampf, wurde von Johnson an den Seilen bearbeitet ohne Aktionen zu bringen und ging nach einer rechten Geraden an die Schläfe in der neunten Runde zu Boden. Er wurde erneut ausgezählt und verblieb einige sehr lange Minuten regungslos auf dem Ringboden. Verlassen hat er den Ring zum Glück gesund aber mit einem Handtuch vor den Augen, das Ende einer großen Karriere. Die Niederlage gegen Tarver wurde vom "Ring Magazine" zum KO des Jahres gewählt, der KO gegen Johnson zur Überraschung des Jahres. Doch RJJ trat nicht zurück - 13 Monate später stand er zum dritten Mal Antonio Tarver vor 20.000 Zuschauern im ausverkauften St. Pete Times Forum in der Heimatstadt des "Magic Man" gegenüber - Jones wurde bejubelt, Tarver ausgebuht. Doch der Kampf blieb unter den Erwartungen; Roy probierte zu überlegen und verweigerte eine Offensive, stattdessen verlegte er sich darauf, Tarver mit seinen Spielchen lächerlich zu machen. Nur in der fünften Runde ließ Jones seine Klasse aufblitzen und hatte Tarver prombt in arger Bedrängniss. Leider setzte er diese nicht fort und verlor am Ende äußerst deutlich nach Punkten, wobei er in Runde 11 kurz vor dem KO stand, nachdem Tarver einen rechten Haken als Konter ins Ziel bringen konnte. Danach galt seine Karriere endgültig tals beendet, doch erneut gab er sein Comeback bekannt und wird nun am 29. Juli gegen Prince Badi Ajamu in den Ring steigen.