Im Jahr 1995 schlitterte der Klub in eine finanzielle Krise, als der LASK mit einer Schuldenlast von 25 Millionen Schilling zahlungsunfähig wurde. Es wurde am 20. März 1995
Konkurs angemeldet, jedoch gelang es dem Verein im Wege eines Zwangsausgleichs der Liquidierung zu entgehen. Die Gläubiger gaben sich mit der 20-prozentigen Quote zufrieden, sodass der Verein saniert werden konnte. Am 21. Mai 1997 kam es zur hitzig diskutierten und bis heute umstrittenen Fusion mit dem Stadtrivalen und ehemaligen Meister
FC Linz zum „LASK Linz“.
[3] Zwar nahm der LASK diesen Namen bereits nach dem Konkurs zum 1. Jänner 1996 an, er wurde bis dahin allerdings kaum verwendet und in den damaligen Medien als sichtbarstes Zeichen des neuen Linzer Großklubs gewertet und popularisiert. Im zehn Tage nach der Fusion stattfindenden obsoleten Meisterschaftsspiel in der vorletzten Runde zwischen dem LASK und dem FC Linz gab man sich kurioserweise eine 0:3-Blöße. In Folge übernahm der LASK einige Spieler des FC Linz, ansonsten wurde der traditionsreiche Arbeiterverein praktisch ausgelöscht.
Per Brogeland wurde 1997 als Cheftrainer verpflichtet, und die Mannschaft wurde zahlreich verstärkt, es kam unter anderem
Geir Frigård, der daraufhin
österreichischer Torschützenkönig wurde. Überschattet wurde die folgende Saison durch den so genannten „Rieger-Skandal“. Der damalige LASK-Präsident Wolfgang Rieger schlitterte einerseits mit seiner Rieger-Bank in den Konkurs, die finanziellen Verflechtungen mit dem Verein blieben der Öffentlichkeit jedoch verborgen. Durch den Verkauf der Leistungsträger konnte der Verein zwar saniert werden, den baldigen sportlichen Abstieg konnte man allerdings nicht verhindern. In der
Saison 1998/99 erreichte man noch das ÖFB-Cup-Finale unter dem Trainer
Marinko Koljanin, welches gegen den
SK Sturm Graz erst im Elfmeterschießen verloren wurde. Durch den Meistertitel von Sturm Graz war der LASK trotz Niederlage für den UEFA-Cup spielberechtigt, schied dann gleich in der ersten Runde des Bewerbs gegen
Steaua Bukarest aus.
Der finanziell vor dem Aus stehende Verein verhandelte in der darauffolgenden Zeit intensiv mit verschiedenen Investorengruppen. Einig wurde man sich nach sehr langen, zähen und umstrittenen Verhandlungen mit einer Investorengruppe rund um Peter Michael Reichel, der seit Februar 2000 auch das Präsidentenamt innehatte.
[4] In der
Saison 2000/01 stieg der Verein dann schließlich aus der obersten Spielklasse ab und spielte auch in der zweiten Spielklasse lange Zeit keine führende Rolle mehr: Am 13. August 2004 setzte es sogar eine 0:8-Heimniederlage gegen den
FC Kärnten. Erst nach mehreren Jahren der Aufbauarbeit, etlichen Trainerexperimenten und Spielen vor nur ein paar hundert Zusehern gelang es, die Schlagzeilen wieder ins Positive umzukehren und den LASK zu einem wirtschaftlichen und sportlichen Aufwärtstrend zu führen. Nachdem man in der Saison 2004/05 sogar in Abstiegsgefahr geraten war, wurden routinierte Spieler wie
Ivica Vastić,
Ales Ceh,
Željko Milinović und Trainer
Werner Gregoritsch verpflichtet. 2006 beendete der LASK als klarer Aufstiegsfavorit die Saison als Vizemeister der zweitklassigen
Ersten Liga hinter
SCR Altach.