Am 25. Januar 1971 ergriff Idi Amin in einem unblutigen Putsch die Macht. Milton Obote nahm gerade an einer Konferenz der Commonwealth-Staaten in Singapur teil. Im Westen wurde der Putsch mit Erleichterung aufgenommen. Großbritannien und Israel erkannten den Machtwechsel sofort an.
Nach wenigen Tagen verschwanden jedoch Intellektuelle, hohe Offiziere und Richter. Ganze Dörfer, die Obote unterstützt hatten, wurden dem Erdboden gleichgemacht. Die Bewohner wurden getötet. Damit wurde Idi zum Sinnbild des brutalen afrikanischen Gewaltherrschers. Zwischen 100.000 und 500.000 Menschen fielen nach Schätzungen von Menschenrechtsorganisationen seiner achtjährigen Gewaltherrschaft zum Opfer. Es wird gesagt, dass Idi Amin einige seiner Opfer auch verspeiste - es gibt dafür jedoch keine stichhaltigen Beweise.
Weil nicht schnell genug Gräber geschaufelt werden konnten, ließ er die Leichen den Krokodilen im Nil zum Fraß vorwerfen. Um seine Wirtschaftsbeziehungen zu den arabischen Staaten zu verbessern, brach Amin mit Israel und wurde ein erbitterter Gegner Israels. Er verherrlichte die Gräueltaten der Nationalsozialisten in Deutschland an den Juden und wies Israelis aus, um an Rüstungsgeld aus Libyen zu kommen.
1972 verwies er im Rahmen einer Afrikanisierungskampagne die Asiaten des Landes. Ausländische Unternehmen wurden enteignet. Damit verlor Uganda, die Perle Afrikas, seine Ober- und Mittelschicht und wurde wirtschaftlich ruiniert. Er hielt sich an der Macht, da der Westen weiterhin mit ihm Handel trieb und die Sowjetunion ihm Waffen lieferte. 1975 wählte ihn die Organisation für Afrikanische Einheit (OAU) zu ihrem Präsidenten.